Zwergflamingos haben in der Natur zwar derzeit noch einen relativ guten Bestand an Individuen. Dennoch führt die Weltnaturschutzunion die Art auf der IUCN Red List of Threatened Species als potenziell gefährdet. Der Populationen werden als Folge von Lebensraumzerstörung deutlich kleiner. Zwergflamingos kommen in einigen Gebieten Afrikas und Asiens vor, sind regional jedoch auf ein paar wenige Salzseen beschränkt: Daher kann eine Dürre einen großen Teil des Zwergflamingobestands vernichten. In den vergangenen Jahren ist in den beiden wichtigsten Seen in Ostafrika durch Vergiftungen infolge von Schwermetalleintrag der Bestand stark zurückgegangen. Als weitere Gründe für die Gefährdung der Art nennt die IUCN generelle Wasserverschmutzung und Kollisionen mit elektrischen Leitungen.