Zwergflamingos ernähren sich im Unterschied zu anderen Flamingoarten hauptsächlich von Cyanobakterien und Kieselalgen. Krebse und andere Wirbellose machen nur einen kleinen Teil ihrer Nahrung aus. Die Lamellen an ihren Filterschnäbeln sind dafür extra fein. Bei uns bekommen sie speziell darauf abgestimmtes Futter.