Ein Luftangriff zerstört im Jahr 1941 unter anderem das Elefantenhaus und die Gärtnereigebäude. Es gibt eine neue Garten- und Tierparkverwaltung mit zwei Verantwortlichen (Siegfried Kemmer Tiergarten; Ernst Liebscher Gartenplanung) als Unterabteilung beim Tiefbauamt. Nachdem im Jahr 1944 weitere Luftangriffe Stallungen zerstören und Tiere zum Opfer fallen, wird der Tiergarten geschlossen. Die Stadtverwaltung löst den Tiergarten im Jahr 1946 auf. Durch den Krieg wurden viele Tiere getötet, die letzten werden an den Zoo Frankfurt verkauft. Erst im Jahr 1947 kann der Stadtgarten wieder von Publikum besucht werden.