Prinz-Alfred-Hirsche leben ursprünglich in Regenwäldern der zu den Philippinen gehörenden Visayas-Inselgruppe. Durch massive Lebensraumzerstörung und Jagd wurden sie auf vielen Inseln gänzlich ausgerottet, auf wenigen blieb ein Restbestand. Insgesamt hat die Art 95 Prozent ihres ursprünglichen Verbreitungsgebiets eingebüßt. Die Tiere werden heute oft einzeln oder in nur kleinen Gruppen angetroffen. Dabei weiß man jedoch nicht, ob das ihre natürliche Sozialstruktur ist oder ob sie früher größere Rudel gebildet haben.